早期有一条河从东向西流过遗址北区的南部。第四层土色灰，厚约五～八零厘米。层堆积厚度的差别大说明此层形成时有大量泥沙堆积。与前一层土色的变化，土色由褐灰色变为灰色是由于洪水带来表新泥土的缘故。而较深颜色的层是长时间积水，泥土中的腐殖质较多的缘故。说明北区早期沿河两岸是沼泽，河流虽冲刷出河道，但泥土堆积颜色显示并无上游大量新泥土被带入。倒是在探方t四零七的最北端，在第四层仍出现低于第五层的深度。这一现象显示，第四层的形成源于北方来的大量泥沙形成了遗址区的全面堆积。之后第四层仍有由东向西的水流冲刷。而在探方t四零七以北出现了更强力的由东向西的冲刷。第三层褐灰色土，厚约一五～七零厘米，距表深三零～一零零厘米。土质较硬，杂有零星的红烧土渣，遗物以陶片为主。灰坑较多，其中出土了相当丰富的兽骨、水生动物骨骸等。第二层红褐色土，厚约七～四零厘米，距表深一八～五零厘米。土中夹杂着相当数量的红烧土渣、块。层中包含遗物、遗迹都比较丰富，诸如陶、石、骨、角、蚌、螺等遗物屡见不鲜。陶片以泥质红陶为主，其次为夹蚌红陶与夹砂褐陶，泥质灰陶、夹蚌褐陶、夹砂红陶为数不多。素面陶为主。第一层为耕土层，厚约一零～二零厘米。土质松软。

南区第四层灰色土，最厚堆积达九七厘米，距表最深处为二一五厘米，说明此时这里势最低，这次洪水使它堆积最厚。但是，在本层底部仍露口一批灰坑，说明此次气候的重大变化之前也有一批人长期生活在这里。第三层的褐色土，与中区的第四层土色相同，说明南区这一层的堆积物主要来自中区第层的堆积物。因为南区的势低于中区，是表径流搬运的结果。第二层灰色土，此时本层主要受北方主河道来水的影响，土色与其它各区都不相同。东部（即中区东部）和北区还受东方来水所裹挟泥土的影响。南区部分探方缺少第二层堆积，少数探方缺第二、三层两个层次的堆积，说明南区在这一时期被水所淹，没有机会形成该两个层次的堆积。

中区层的土色，第四层褐土。厚一零～六零厘米，距表深一一五～一六零厘米。土质较坚硬，其中夹杂少量红烧土渣。层中包含遗物不多。本层土色应该是受北区第三层的影响。第三层土色褐色，厚二零～七五厘米，距表深六零～一五七厘米。土质较硬，夹杂一些红烧土渣，包含遗物多为陶片。第二层红褐色土，厚约三零～七零厘米，距表深四零～九零厘米。土质坚硬，其中夹杂着一定数量的红烧土碴、块。出土物多为陶片，以泥质和夹砂红、灰陶为主，也有少量的夹蚌红陶。另外还有一定数量的彩陶片。此层土色与北区第层相同，说明此两层为同一堆积过程。第一层为耕土层，厚约一零～厘米，土质比较松软，层中夹杂大量的大汶口文化陶、石器残片，以及汉代板瓦，近代砖、瓦和瓷片等。

西区各层堆积较薄，土色也明显不同于其它区域。西区第四层白色土。只有少数探方中有这个堆积层次。该层夹杂有大量的白细砂，质较硬。第三层色土。第二层红色土，说明此层受到北区第二层堆积的影响，与其时间大致相同。直到第层耕土层中，仍含有较多色细砂。说明西区层的堆积机制更多受西侧洪水的影响，堆积机制不同于其它诸区。显示这里最接近西侧主河道，同时也受东方洪水的持续影响，各层堆积都与洪水冲刷有关。西区堆积量不大，这里受洪水影响最强。

遗址东部没有遗迹（没有东区，但北区和中区都有东侧部分），主要原因是日常用水不便，大部分时间不适合定居。但是，在最大洪水期，东部也有洪水流过，甚至会淹没过整个遗址。事实上，大洪水曾经多次没过整个遗址。最早是第四层堆积形成时，不是由东向西的洪水，而是由北向南的的洪水带来的大量泥沙，形成了遗址的基本形。然后是第二、三层两层堆积形成时