月，元顺帝下诏削扩廓帖木儿太傅、左丞相等官职，只保留河南王的爵位，扩廓帖木儿的兵权被白锁住、也速、沙蓝答儿、貊高等人瓜分。

扩廓帖木儿接到诏书后，便退据泽州，后又攻占冀宁，杀尽元廷命官。

至正二十八年（1368年，洪武元年）二月，元廷削除扩廓帖木儿的爵位，命诸军攻击之，扩廓帖木儿退守晋宁。

就在扩廓帖木儿与各路军阀混战之际，吴王朱元璋派徐达、常遇春率25万大军北伐元朝，并于至正二十四年（1368年，洪武元年）正月初四即皇帝位，改国号为大明。

明军北伐过程中，扩廓帖木儿之弟脱因帖木儿被明军击败于洛水，河南行省平章政事梁王阿鲁温（察罕帖木儿之父，扩廓帖木儿外祖父）降明。

李思齐、张良弼等见明军压境，便遣使于扩廓帖木儿，“告以出师非本心”，随即解兵西还。

同年三月，元翰林学士承旨王时、太常院使陈祖仁上疏，请求抚谕扩廓帖木儿，让他带兵勤王，不为元廷所采纳。

闰七月，扩廓帖木儿击败貊高、关保，上报元廷，顺帝悔悟，命扩廓帖木儿依军法处死貊高、关保，又罢大抚军院，恢复扩廓帖木儿河南王、太傅、中书左丞相的官爵。

此时明军已渡黄河，顺帝急命扩廓帖木儿勤王，扩廓帖木儿的幕府争论不休，有人在商讨勤王方略，有人则提醒扩廓帖木儿说“朝廷开抚军院，步步要杀丞相，乃要勤王？我驻军云中，观其成败为计耳！”至正二十八年（1368年，洪武元年）闰七月二十六日，扩廓帖木儿自晋宁移驻冀宁。

两天后，元顺帝及皇太子爱猷识理达腊等人弃大都而北走。

八月二日，明军入大都，元朝在中原的统治结束。此后扩廓帖木儿开始担当起复兴元朝的重任。

明军占领大都以后，改名北平，以孙兴祖留守，徐达、常遇春等人攻打冀中一带，作为进攻山西的跳板。

明军还先派元朝尚书九住前去冀宁招抚扩廓帖木儿，但没有成功。当时，常遇春的主力即南下保定、中山、真定，作为攻山西的北路军。

徐达的部队则驻扎彰德一带，作为南路军。徐达派前锋汤和部自怀庆取泽州，形成孤军冒进的态势。

至正二十八年（1368年，洪武元年）十月初，扩廓帖木儿派军南击汤和，在韩店大战，明军惨败。

捷报传来后，在上都的元顺帝大喜，晋封扩廓帖木儿为齐王，赐金印，又令其收复大都。因此扩廓帖木儿集合主力，北出雁门，经保安州、居庸关，向大都（北平）进发。

明将徐达等人认为北平有孙兴祖据守，且有坚城，不足为虑，扩廓帖木儿倾巢而出，冀宁（太原）空虚，明军主力均在太行东南部真定、彰德一带，离冀宁很近，于是采用“批亢捣虚”的战术直取冀宁。

扩廓帖木儿已行至保安州，听说明军动向后果然慌忙回救冀宁，明军决定夜袭扩廓帖木儿，再加上有其部将豁鼻马投降为内应，奇袭行动十分顺利。

扩廓帖木儿当晚正在读兵书，发觉明军袭来以后仓促奔出营门，穿了一只靴子就跨马逃走，只有十八骑跟从，其余4万人马都做了明军的俘虏。这是至正二十八年（1368年，洪武元年）十二月的事。

扩廓帖木儿先逃到大同，常遇春带兵追至忻州，不及而还，而后扩廓帖木儿直奔甘肃。至正二十九年（1369年，洪武二年）正月，元顺帝拜扩廓帖木儿为中书右丞相，并屡次召他入援，但扩廓帖木儿滞留西北，并未奔赴上都与应昌，还劝元顺帝尽早弃应昌北逃和林。

至正二十九年（1369年，洪武二年）六月，扩廓帖木儿在宁夏声援守护庆阳的元将张良臣，但其所派的几个探子被明军抓住处死，所派将领韩扎儿在攻占原州后又被明军赶走，八月，扩廓