还没等扩廓帖木儿出兵，孛罗帖木儿的大军就兵临大都城下，皇太子逃走，太子党的搠思监、朴不花二人被顺帝交出，孛罗帖木儿处死二人后就撤兵了。

，皇太子回到大都后越想越气，乃于同年五月再次命扩廓帖木儿讨伐孛罗帖木儿。

当时扩廓帖木儿和孛罗帖木儿两军已维持一段时间的和平，“至是扩廓帖木儿乃大发兵，诸道夹攻大同”，又命部将白锁住率军万人拱卫大都。

扩廓帖木儿也亲赴冀宁，坐镇指挥。孛罗帖木儿没有迎战，而是带兵直趋大都，皇太子爱猷识理达腊率白锁住所部接战，被打败后逃往冀宁的扩廓帖木儿营中，孛罗帖木儿遂入京，并被顺帝封为左丞相。

爱猷识理达腊逃到冀宁以后，欲效唐肃宗即位灵武故事而称帝，遭扩廓帖木儿反对而作罢，为他们二人后来的反目埋下种子。当时扩廓帖木儿兵分三路，“遥制孛罗，而不与之挑战”，一度形成对峙局面。

而皇太子则在冀宁调集岭北、甘肃、辽阳、陕西等省的兵力，积蓄力量以反攻大都，并在至正二十五年（1365年）三月命扩廓帖木儿讨伐孛罗帖木儿。

孛罗帖木儿派兵抵御，结果也速反水，爱将姚伯颜不花阵亡，顺帝也逐渐厌恶孛罗帖木儿，于至正二十五年（1365年）七月派人刺死他，把他脑袋装进匣子里送入冀宁，同时诛杀了老的沙等孛罗帖木儿同党。

同年九月，扩廓帖木儿护送皇太子自冀宁还京，他也被顺帝封为中书左丞相。

尽管扩廓帖木儿做了左丞相，但他的地位并不巩固。元朝有以“根脚”（家世）用人的传统，扩廓帖木儿虽然是国族蒙古人，但并非大根脚，因此“居朝怏怏不乐，朝士往往轻之，谓其非根脚官人”。

最关键的是他与太子党的反目，原来在扩廓帖木儿率军护送皇太子爱猷识理达腊回京的途中，奇皇后（皇太子之母）企图让扩廓帖木儿拥兵挟元顺帝让位于皇太子，扩廓帖木儿欲在顺帝与太子间保持中立，知道奇皇后的意思后，到大都城外三十里时就遣散军队回营，于是奇皇后、皇太子母子对他心怀怨恨。

扩廓帖木儿在朝廷无法立足，便请求“南还视师”。至正二十五年（1365年）闰十月，元顺帝下诏封扩廓帖木儿为河南王，调度天下兵马“肃清江淮”。

至正二十六年（1366年）二月，扩廓帖木儿到河南，由于朱元璋势力已强且命徐达防备，故他不但不南征，还以为其父守孝为由按兵不动，又北渡彰德，调关中四军阀李思齐、张良弼（思道）、孔兴、脱列伯的军队，企图利用南征之机将这四路大军收入囊中。

四人拒不受命，因而与扩廓帖木儿展开火并，“相持一年，前后百战，胜负未决”。

当时，扩廓帖木儿自立行省，甚至私自与高丽互通使节，除了在徐州与朱元璋军有一次失败的小规模战斗以外迟迟无南征之举，元顺帝开始怀疑他有异志，屡次督促他南下。

扩廓帖木儿乃于至正二十六年（1366年）十月派胞弟脱因帖木儿及部将貊高、完哲等驻守山东，敷衍朝廷，继续与李思齐等交战。顺帝又遣使晓谕扩廓帖木儿与李思齐等和解，扩廓帖木儿不但不从，还杀了敕使天下奴等人，“跋扈之迹成矣”。

至正二十七年（1367年）正月，关中四军阀在大明宫含元殿遗址等人结成反扩廓帖木儿联盟，推李思齐为盟主，扩廓帖木儿也“攻张、李愈急”。

至正二十七年（1367年）八月，顺帝下诏命皇太子总领天下兵马，扩廓帖木儿领本部兵马，肃清江淮，这实际上是剥夺了扩廓帖木儿调度天下兵马的权力。

与此同时，扩廓帖木儿部将貊高、关保背叛了他，归顺朝廷，形势对他更加不利。随即元廷又为皇太子设大抚军院，“专备扩廓帖木儿”。

同年十