《神雕侠侣》中，王重阳曾将部分《九阴真经》刻在终南山活死人墓的石壁中，后为杨过、小龙女习得。

《倚天屠龙记》中，九阴真经被郭靖、黄蓉夫妇藏于倚天剑中，后为峨眉派掌门周芷若习得九阴白骨爪，终为张无忌所得，而杨过、小龙女的后人黄衫女子也在先人的传授下习得部分武学。

后《九阴真经》则被埋藏于桃花岛中心，而倚天剑中隐藏的是两块铁片，一片是桃花岛所在地，另一片则是桃花岛地图。

黄裳，北宋年间人士，原为文官，因校对《道藏》而悟通武学义理。

及后黄裳被派遣消灭明教，官兵无能败阵，黄裳不服，单人匹马杀伤了明教多人，引来众人上门寻仇。

直至两宋之间的时代，《九阴真经》出世，由于真经载有破解各大门派武学的方法，更是天下武学总纲，遂引起江湖群雄的争夺，掀起一番腥风血雨。

全真教掌教王重阳「中神通」为免江湖仇杀不断，提出「华山论剑」，胜者为「天下第一高手」，并可拥有《九阴真经》。

桃花岛岛主黄药师（东邪）、西域白驼山山主欧阳锋（西毒）、大理皇帝段智兴（南帝）、丐帮帮主洪七公（北丐）应邀，经历七日七夜的论剑，四大高手均被王重阳折服，推王重阳为「天下第一高手」。

王重阳取得真经上下册，将之藏于蒲团之下，未有修习真经武学，并要求全真教门下，不得习练其中武学。

王重阳在将死之前，发现西毒欧阳锋在终南山出没，意欲盗取真经，遂假装逝世，引欧阳锋来袭，乘机以附有先天功的一阳指损伤欧阳锋的蛤蟆功功力。再将《九阴真经》交给师弟老顽童周伯通保管。

周伯通为遵循王重阳遗愿，决定藏匿《九阴真经》，他将上册经书藏好后，欲将下册经书藏匿时，路遇东邪黄药师冯蘅夫妇。周伯通与东邪黄药师打赌而败，将《九阴真经》（下册）借给黄夫人观阅。不曾想黄夫人有过目不忘的记忆力，竟将《九阴真经》（下册）全部记下。黄药师夫妇欺骗周伯通，让周伯通自毁《九阴真经》（下册）原本，黄夫人回岛后立即依靠记忆力默写出下册经书。

黄药师徒弟梅超风，陈玄风偷黄夫人手书的《九阴真经》（下册）出岛，两人习得经书上的武功，成为名震江湖的黑风双煞。黄夫人为解黄药师之愁，强撑再次默写《九阴真经》（下册），却灯枯油尽而逝。

周伯通得知被黄药师夫妇欺骗，拿着经书上册到桃花岛讨要说法，因武功不敌黄药师被关押15年，但始终没有将经书上册交于黄药师。

陈玄风为携带《九阴真经》（下册）方便，将其内容刺在自己胸口皮肤上，并毁掉黄夫人的手抄本。

蒙古大漠时，陈玄风大战江南七怪时，被6岁的郭靖取巧而杀，梅超风取走陈玄风胸口皮肤（即《九阴真经》下册）。

12年后，郭靖与江南七怪来到中原，在太湖归云庄大战之时，江南七怪之妙手书生朱聪施展绝技“妙手空空”，成功从梅超风身上盗得印有《九阴真经》（下册）的陈玄风人皮并交由郭靖。（但当时朱聪的本意是为郭靖盗取解药，并且江南七怪、郭靖等人并不知道这块人皮上刻的是《九阴真经》（下册），是以黄药师询问时，朱聪拒绝承认偷取）。

后郭靖登桃花岛，遇被关押的周伯通，被周伯通认出《九阴真经》（下册）。周伯通一方面为能一睹真经武功的威力，一方面为戏弄对《九阴真经》深感厌恶的郭靖，竟欺骗郭靖练习真经上的武功，将自己拥有的《九阴真经》（上册），陈玄风人皮上的《九阴真经》（下册）全部教授给郭靖，《九阴真经》中有甚多意义难名的文字，周伯通更要郭靖背下全文，郭靖不得已死记硬背将《九阴真经》全篇背下。（此时郭靖并不知道自己练习和背诵的是《九阴真经》）